冷凍干燥機的制冷系統由制冷壓縮機組（水冷冷凝器、油分離器、高壓管路、干燥過濾器、膨脹閥、蒸發器、低壓管路組成），采用氟利昂機組和R22制冷劑或氟制冷機組，制冷機組組成使凍干品速凍用的制冷系統和捕水器制冷系統。當系統工作，接觸加熱方式中擱板溫度可降至-35℃。當制冷系統工作時，冷凝盤管的表面溫度可達-35到-55℃，根據客戶需要采用單級或雙級制冷壓縮機組，制冷效果好。

　　冷凍干燥技術的優點：

　　安全；水分去除率非常高；真空度低，可準確控制；樣品溫度低，適用于溫度敏感性樣品；可保持樣品性狀、復溶性好；擱板加熱溫度可準確控制。

　　冷凍干燥技術的缺點：

　　速度慢，一般需要過夜處理；購買成本較高；樣品需事先冷凍。

　　對于旋轉蒸發器主要用于醫藥、化工和生物制藥等行業的濃縮、結晶、干燥、分離及溶煤回收。其在真空條件下，恒溫加熱，使旋轉瓶恒速旋轉，物料在瓶壁形成大面積薄膜，高效蒸發。溶煤蒸氣經高效玻璃冷凝器冷卻，回收于收集瓶中，大大提高蒸發效率，特別選用于對高溫容易分解變性的生物制品的濃縮提純。

　　旋轉蒸發技術的優點：

　　蒸發速度相對較快；樣品量大；控制水浴溫度可控制熱量輸入；真空度可控制；整個過程可見、好控制。

　　旋轉蒸發技術的缺點：

　　只能處理單一樣品；需要清洗玻璃裝置；密封件壽命有限，需要定期更換；樣品會泄露到空氣中，造成污染。